Trong lĩnh vực tôn giáo, Northumberland có chung quan điểm với Somerset, tức là ủng hộ những cải cách đang được tiến hành ngày càng mạnh mẽ.[90] Dù ảnh hưởng thực tế của Edward trên chính quyền là có giới hạn, quyết tâm của nhà vua đã khiến chương trình cải cách phải được xem là điều bắt buộc. Người được Edward tin tưởng nhất là Thomas Cranmer, Tổng Giám mục Canterbury. Ông đề xướng một loạt cải cách làm thay đổi giáo hội Anh, từ một giáo hội – dù đã bác bỏ quyền tối thượng của giáo hoàng – căn bản vẫn là Công giáo - trở thành một giáo hội Kháng Cách. Quyết sách thu hồi tài sản giáo hội bắt đầu từ thời Henry được duy trì dưới thời Edward.[91]

Không ai có thể quả quyết về mức độ chân thật của Somerset và Northumberland trong niềm tin tôn giáo,[92] nhưng không ai có thể nghi ngờ về lòng xác tín của Vua Edward – một số người cho là cuồng tín[93] - đối với đức tin Kháng Cách. Mỗi ngày nhà vua đọc mười hai chương trong Kinh Thánh, và chăm chú suy ngẫm các bài giảng luận.[94] Lúc còn sống và sau khi chết, Edward vẫn được xem như là một Josiah mới, một vị vua trong Kinh Thánh đã hủy phá các tượng thần Baal và kêu gọi dân chúng quay trở lại với Thiên Chúa.[95][96] Đã có lần nhà vua nhờ Catherine Parr thuyết phục Mary ngưng tham dự những buổi khiêu vũ và vui chơi vì không phù hợp với một công chúa Cơ Đốc giáo.[15] Trong những năm đầu đời, Edward thực hành các lễ nghi Công giáo như dự lễ misa, nhưng do ảnh hưởng của Cranmer và các giáo tập trong triều, nhà vua ngày càng tin quyết rằng đạo "thật" cần phải được xác lập trên bờ cõi nước Anh.[97]

Được công nhận chính thức là các giáo lý cải cách như xưng nghĩa chỉ bởi đức tin (không bởi công đức), bánh và rượu được ban cho mọi người dự Tiệc Thánh (không phân biệt giữa mục sư và tín hữu).[98] Bộ Chuẩn tắc năm 1550 ủy nhiệm các mục sư rao giảng Phúc âm và cử hành các thánh lễ, khác với trước đây họ có nhiệm vụ "dâng tế và ban lễ misa cho người sống và người chết".[99] Đích thân Cranmer biên soạn quyển Giáo nghi bằng tiếng Anh, quy định các chi tiết trong lễ thờ phượng mỗi ngày, hằng tuần, và các dịp lễ tôn giáo.[100] Sách Cầu nguyện chung năm 1549 với nội dung hòa giải lại bị tấn công từ mọi phía, bị những người chuộng truyền thống chê trách vì xem nhẹ phần nghi thức,[101] bị những nhà cải cách than phiền về việc giữ lại quá nhiều yếu tố cũ,[100] và bị chống đối bởi những tăng lữ Công giáo cao cấp như Stephen Gardiner, Giám mục Winchester, và Edmund Bonner, Giám mục Luân Đôn, cả hai đều bị giam giữ trong Tháp Luân Đôn, những người khác bị buộc phải rời nhiệm sở.[73]

Sau năm 1551, cuộc Cải cách tiến xa hơn với sự hậu thuẫn tích cực của Edward. Nhà vua khởi sự hành xử ảnh hưởng cá nhân trong cương vị là nhà lãnh đạo tối cao của giáo hội.[102] Thêm những cải cách như là sự đáp ứng với những yêu cầu của những nhà cải cách như John Hooper, Giám mục Gloucester, và John Knox, nhà lãnh đạo tôn giáo người Scotland, trong thời gian lánh nạn tại Anh được mời thuyết giảng tại Newcastle rồi được chọn làm tuyên úy cho hoàng gia.[103] Cranmer chịu ảnh hưởng của nhà cải cách người Đức Martin Bucer, ông đến tị nạn ở Anh và từ trần tại đây năm 1551, cùng Peter Martyr, giảng dạy tại Oxford, và những nhà thần học khác.[104] Tiến trình cải cách được thúc đẩy mạnh mẽ hơn qua việc chọn thêm những người có khuynh hướng cải cách để tấn phong Giám mục.[105] Trong mùa đông năm 1551-52, Cranmer nhuận chính "Sách Cầu nguyện chung", và chuẩn bị cho bản tuyên tín "Bốn mươi hai tín điều", nhằm làm sáng tỏ thần học Cải cách.[106] Cranmer bác bỏ giáo lý dạy rằng Thiên Chúa thực sự hiện diện trong bánh thánh và rượu thánh, do đó mà hủy bỏ lễ misa.[107] Theo nhận định của Elton, việc ấn hành "Sách Cầu nguyện chung năm 1552" của Cranmer, cùng với sự ban hành Đạo luật Đồng nhất, "đã đánh dấu sự gia nhập cộng đồng Kháng Cách của Giáo hội Anh".[108] Cho đến nay, "Sách Cầu nguyện chung năm 1552" vẫn là nền tảng cho giáo nghi Anh giáo.[109]